بعد مضي ثلاثة أسابيع من وصوله إلى العراق لأسباب إنسانية، ألقي عليه القبض في نهاية شهر شباط/ فبراير 2004 من قبل جنود أمريكيين في بغداد واقتيد مباشرة إلى مطار بغداد. وأفاد هو أيضا بأنه عومل معاملة غير إنسانية، مع تقييد قدميه ويديه. وقد تعرض طيلة ستة أيام متواصلة، للضرب وحشي، بما في ذلك عمليات الصعق بالصدمات الكهربائية والتهديد بالاعتداء عليه جنسيا، وذلك لإجباره على التوقيع على اعترافات من شأنها توريطه في أعمال تدينه.
ثم تم نقله إثر ذلك إلى سجن أبو غريب حيث تعرض مجددا لجميع أنواع المعاملة القاسية والمهينة قبل عرضه لأول مرة أمام قاض في حزيران/يونيو 2005. وخلال "جلسة المحاكمة" التي انعقدت في تموز/ يوليو 2005 رفض السيد بوجنان السماح للشخص الذي قدم نفسه على انه محاميه، المرافعة عنه، كون هذا الأخير اكتفى بالكيل له سيل من الشتائم وتوجيه التهم إلى موكله المفترض.
وكان قد طلب السيد عز الدين بوجنان اختيار محامية، أو على الأقل الاتصال بعائلته أو السلطات المغربية، وهو ما تم رفضه من قبل السلطات العراقية، فحكم عليه بالسجن لمدة 10 سنوات، بتهمة دخوله إلى العراق بصفة غير قانونية.