Le 22 septembre 2016, Alkarama a soumis au Conseil des droits de l'homme son rapport sur la situation au Bahreïn en vue de son Examen périodique universel (EPU) prévu en Mai 2017. Alkarama a relevé les violations les plus importantes qui persistent encore dans le pays et dénonce ainsi l'usage de la torture, le recours à la détention arbitraire et les violations du droit à un procès équitable. Le rapport d'Alkarama souligne également l'absence de mise en œuvre de plusieurs recommandations acceptées par le Bahreïn lors de son second examen en 2012.
Dans son rapport, Alkarama dénonce la répression de l'opposition, qui se traduit par des arrestations, souvent pour des motifs politiques, l'interdiction de voyager ou encore la déchéance de nationalité. L'arrestation du Secrétaire Général du principal parti d'opposition, la déchéance de nationalité de nombreux opposants, ainsi que la récente dissolution du parti, intègrent un schéma plus large de violations des libertés fondamentales, en particulier les droits à la liberté d'opinion et d'expression ainsi que l'assemblage et d'association pacifiques.
Alkarama souligne également le caractère liberticide de la loi Anti-terroriste de 2006, laquelle continue de restreindre les libertés fondamentales, notamment la liberté d'expression et constitue une menace pour les activistes pacifiques, les défenseurs des droits de l'homme et les membres de l'opposition. Nombre d'entre eux ont été poursuivis pour avoir « critiqué » le gouvernement sur les réseaux sociaux ou lors de rassemblements publics, et les autorités continuent de détenir des prisonniers d'opinion condamnés à l'issue de procès inéquitables.
En dépit de la ratification par le Bahreïn de la Convention contre la torture et autres peines ou traitements cruels, inhumains ou dégradants (UNCAT), cette pratique demeure une problématique persistante dans le pays. Les cas documentés par Alkarama ont montré que le recours à la torture vise à obtenir des aveux utilisés dans le cadre de procès inéquitables pour condamner les personnes poursuivies. Cette pratique est généralement le fait d'agents placés sous l'autorité du Ministère de l'Intérieur qui semblent agir en toute impunité.
Enfin, Alkarama dénonce également la pratique continue de la détention arbitraire utilisée pour museler les opposants pacifiques et les défenseurs des droits de l'homme. Les arrestations, notamment de manifestants, sont souvent accompagnées de violence commises par des membres des services de police ou des forces spéciales de la sûreté nationale. Les cas documentés par Alkarama démontrent également que la pratique de la détention incommunicado est courante et rend impossible la communication des détenus avec leur avocat et leur famille créant ainsi un terrain favorable à la torture.
Il est important de souligner que ces pratiques vont de pair avec la violation du droit à un procès équitable. La détention au secret, le déni de l'accès à un avocat avant le procès pour préparer sa défense et l'utilisation d'aveux extorqués sous la torture comme élément de preuve sont considérés comme de graves lacunes du système judiciaire bahreïni. De plus, les juridictions telles que les tribunaux militaires et la Cour de Sureté Nationale n'offrent pas de garanties suffisantes en matière de protection des droits des justiciables. Ces juridictions, contrôlées par le pouvoir royal, manquent d'indépendance et peuvent, à ce titre, être considérées comme des juridictions d'exception.
L'Examen périodique universel (EPU) consiste en un examen de la situation des droits de l'homme tous les quatre ans par le Conseil des droits de l'homme de tous les États membres de l'ONU. Les examens ont lieu dans le cadre d'une discussion interactive entre l'État examiné et les autres États membres de l'ONU. Les ONG peuvent soumettre des informations auxquelles les Etats participants à la discussion peuvent se référer. En Mai 2017, le Bahreïn sera examiné pour la troisième fois.
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