في 28 آذار/ مارس، 2004 ، في منتصف الظهيرة، اقتحم عدد من عناصر أجهزة الأمن السعودية بلباس مدني مكتب سعيد في وزارة العدل في جدة، ثم اقتادوه فور ذلك إلى بيته في حي الربوة لإجراء عملية تفتيش. وقد أفاد أفراد أسرته الذين كانوا حاضرين حينذاك بعين المكان، أن عناصر الأمن تصرفوا معه بعنف مفرط قصد إرهابهم على الأرجح، وبعد قضائهم فترة غير قليلة، اقتادوا السيد سعيد الخميسي إلى وجهة مجهولة، حاملين معهم أجهزة الكمبيوتر وعدد من كتبه.
وبعد مضي شهرين كاملين، شهرين من الصمت المطبق، في غياب تام لأي أنباء عن ابنهم، علمت أخيرا أسرته بأنه محتجز في سجن ذهبان، شمال غرب مدينة جدة، وهو مركز اعتقال مصنف ضمن فئة " درجة أمن قصوى"، تشرف عليه أجهزة المخابرات، مركز يعتقل فيه عادة سجناء الرأي والمتهمين بالإرهاب. وقد ذكر أفراد أسرته بأنه تعرض للتعذيب أثناء الاستجواب وأنه لا يزال إلى يومنا هذا يعاني من مخلفات سوء المعاملة.
وللتذكير، يبلغ سعيد حاليا 32 سنة من العمر، ولا تزال زوجته وأبناءه الأربعة ينتظرونه منذ أكثر من سبع سنوات، علما أنه طيلة تلك الفترة لم يمثل قط أمام قاض، ولا يزال إلى اليوم يجهل أسباب سجنه، مما يدل بشكل واضح ليس فيه أدنى شك أن عملية اعتقاله حاليا تشكل انتهاكا للقانون المحلي والدولي لحقوق الإنسان.