Enlevé le 28 septembre 1999 par des agents du Département du Renseignement et de la Sécuritè (DRS) et détenu depuis, M. Medjnoun a quitté la prison civile de Tizi-Ouzou, à 10 heures ce matin. Accusé du meurtre de Lounès Matoub, et bien qu'ayant toujours clamé son innocence, il a été gravement torturé et interrogé à la caserne «Antar » de Ben-Aknoun (Alger). Il a été maintenu détention onze ans sans procès. Il a finalement été condamné à une peine de 12 ans de prison, le 18 Juillet 2011. Ce procès a été qualifié par tous les observateurs, y compris la famille du chanteur, de politique et d'inéquitable.
Son cas avait été soumis au Comité des Droits de l'Homme en 2004, lequel avait condamné le gouvernement algérien pour les nombreuses violations dont Malik Medjnoun a été victime, notamment lors de sa détention au secret dans la caserne du Département du Renseignement et de la Sécurité (DRS), ainsi que pour le caractère inéquitable de la procédure dont il a fait l'objet.
Il est à rappeler qu'à ce jour, les autorités algériennes ont toujours refusé de donner effet aux constatations du Comité des Droits de l'Homme des Nations Unies et notamment de « mener une enquête approfondie sur sa detention au secret et les traitements qu'il a subi depuis son enlèvement; d'engager des poursuites pénales contre les responsables de ces violations » et enfin de l'indemniser.